Soutenance de thèse en doctorat de l’École Doctorale du Pacifique de Pierre Lopez intitulée "Epidémiologie de Tenacibaculum, agents responsables de la ténacibaculose du Platax orbicularis", mardi 24 mai 2022 à 8h en Amphi A2.
- Département : Sciences
- Discipline : Biochimie et biologie moléculaire (CNU N°64)
- Spécialité : Microbiologie
Résumé de la thèse
Le Paraha peue (Platax oricularis) est l’espèce emblématique sur laquelle s’est porté le développement de la pisciculture marine en Polynésie française. Depuis près de 10 ans, des épisodes récurrents de mortalité regroupées sous le terme générique de « la maladie des taches blanches » sont responsables d’importantes pertes peu après la mise en cage des alevins dans les lagons et menacent la filière piscicole. Au moins une espèce bactérienne, du genre Tenacibaculum a pu être associée à ces épisodes infectieux. Toutefois, la compréhension de ces pathologies reste pour le moment sommaire et aucune étude épidémiologique n'a été réalisée pour déterminer l'origine et la diversité des agents pathogènes responsables de ces épisodes infectieux en Polynésie française.
L’objectif de mon projet de thèse est de préciser le ou les agent(s) étiologique(s) responsable(s) et d’en étudier leur diversité et leur répartition. Pour répondre à cette problématique, des campagnes d’échantillonnage ont permis de collecter plus de 600 isolats qui ont par la suite été identifiés. Grâce aux données d’identification, nous avons mis en évidence une importante diversité d’espèces appartenant au genre Tenacibaculum présente dans les élevages polynésiens. Dans un second temps, la diversité intra-spécifique des agents responsables de « la maladie des taches blanches » a été étudiée par différentes approches moléculaires. Certains de ces outils, dont une méthode de sérotypage moléculaire, ont été développés spécifiquement dans le cadre de cette étude. Pour finir, un cycle de production à fait l’objet d’un suivi zootechnique, environnemental et zoosanitaire poussé. Cette dernière étude a permis de révéler que des phénomènes de co-infection par plusieurs sérotypes différents de T. maritimum sont fréquemment rencontrés lors d’épisodes d’infection naturelle survenant dans les élevages. Au regard des résultats obtenus, des hypothèses épidémiologiques et des pistes de progrès ont pu être proposées.
Mots clés : Tenacibaculum maritimum, Platax orbicularis, diversité microbienne, Ichtyopathologie, sérotypage moléculaire, Polynésie française, épidémiologie.
Abstract
The Paraha peue (Platax oricularis) is the emblematic species on which the development of marine fish farming in French Polynesia has focused. For nearly 10 years, recurrent episodes of mortality grouped under the generic term "white spot disease" has been responsible for major losses soon after the fry are introduced into the lagoon cages and is a serious threat to Polynesian fish aquaculture. At least one bacterial species, of the genus Tenacibaculum, has been associated with these infectious outbreaks. However, the pathology remains poorly understood and no epidemiological study has been conducted to determine the origin and diversity of the pathogens in French Polynesia.
The objective of my PhD project is to identify the etiological agent(s) responsible(s) and to study their diversity and distribution. Large-scale sampling campaigns allowed to obtain more than 600 bacterial isolates which were further identified by DNA sequencing. Due to this effort, we have highlighted an important diversity of species belonging to the genus Tenacibaculum present in Polynesian farms. In a second step, the intra-specific diversity of T. maritimum was investigated by different molecular approaches. Some of these tools, such as molecular serotyping PCR, have been developed for the purpose of this study. Finally, a production cycle was monitored for zootechnical, environmental and zoosanitary reasons. This last study revealed that co-infection phenomena by different T. maritimum serotypes are frequently encountered during natural infection episodes occurring in the farms. In view of the results obtained, epidemiological hypotheses and avenues for progress were proposed.
Keywords: Platax orbicularis, Tenacibaculum maritimum, fish disease, molecular serotyping, bacterial diversity, microbiology, French polynésia, epidemiology.
Composition du jury
- HDR, SAULNIER Denis, Cadre de Recherche – Centre Ifremer du Pacifique – Ifremer, Co-directeur de thèse
- DR, DUCHAUD Eric, Directeur de Recherche – Unité de Virologie et Immunologie Moléculaires - INRAE, Co-directeur de thèse
- PR, MITTA Guillaume, Professeur des universités, Unité Ressources Marines de Polynésie française – Centre Ifremer du Pacifique – CNRS, Examinateur
- PR, GAERTNER-MAZOUNI Nabila, Professeure des universités -Université de la Polynésie française, Examinateur
- HDR, ARZUL Isabelle, Cadre de Recherche – Unité Adaptation et Santé des Invertébrés Marins – Ifremer, Examinateur
- MCF-HDR, CALVEZ Ségolène, Cadre de Recherche - Unité de biologie, épidémiologie et analyse de risque en santé animale – Ecole Vétérinaire de Nantes, Rapporteur
- DR, MISTOU Michel-Yves, Directeur de Recherche - Centre International de Ressources Microbiennes – INRAE, Rapporteur
Informations
- Soutenance ouvert au public
- La soutenance sera disponible en direct et en replay sur la chaîne Youtube de l'UPF.
